处理店员偷窃营业款且有未领工资的问题时，以下特殊情况会影响处理结果，需注意：
1. 偷窃金额未达盗窃罪立案标准：根据《中华人民共和国刑法》第二百六十四条，盗窃需“数额较大”才构成犯罪。若金额较小未达当地立案标准，无法追究刑事责任，店铺需支付未领工资，但可通过协商或诉讼追讨被盗小额款项。
2. 店员能证明未偷窃：若店员提供不在场证明、监控显示未接触营业款等充分证据，店铺需支付工资，还可能因侵犯名誉权面临赔偿。此时应先道歉并支付工资，再重新调查。
3. 劳动合同有特殊约定：若合同明确约定“偷窃营业款可从工资中扣除损失”，且不违反法律强制性规定，扣除后工资不得低于当地最低工资标准。店铺需在有证据时按约定扣除，但不能全额扣除未领工资。
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关于店员偷窃营业款且有未领工资时能否拒发工资，可依据《中华人民共和国劳动合同法》明确：
第三十条规定“用人单位应按约定及时足额支付劳动报酬”，未领工资属于合法劳动报酬，店铺不能因店员偷窃拒发。偷窃行为可通过法律追责，但不能成为拖欠工资的理由，因此店铺必须支付未领工资。
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店员偷窃营业款且有未领工资时，用人单位不能直接以未领工资抵扣损失，不同情况如下：
1. 偷窃事实已确认（如监控、员工承认等）：需通过报警或民事诉讼追责，但必须支付未领工资。工资与偷窃分属不同法律关系，不可直接抵消。
2. 缺乏确凿证据：不可以此拒发工资，应先协商或通过劳动仲裁解决工资争议，同时积极收集证据核实偷窃行为。
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店员偷窃营业款且有未领工资时，店铺需注意以下法律风险：
1. 拖欠工资风险：拒发未领工资违反《中华人民共和国劳动合同法》第三十条。例如店员偷500元，店铺拒发1000元工资，劳动监察部门会责令限期支付并可能加付赔偿金。
2. 证据不足无法追责风险：若监控模糊、财务记录混乱等，报警或诉讼可能因证据不足失败，导致经济损失无法挽回。如仅口头指证无其他证据，警方可能不予立案。

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