综合工时制全年加班超1000小时是否违法，需结合法定标准和具体工作周期判断。
综合工时制全年加班超1000小时大概率违法。
1. 若用人单位未依法申请综合工时制审批：无论加班时长多少，均违反《劳动法》关于工时制度审批的强制性规定，全年加班超1000小时自然违法。
2. 若已依法审批且以年为周期：全年工作时间不得超过法定标准工作时间（全年基本工时为2000小时左右，即250天×8小时/天），若加班超1000小时，全年总工时将远超2000小时，违反工时上限规定。
3. 若已审批但周期为季/月：需先核算周期内总工时，若周期内超法定工时且全年累计超1000小时，仍可能因整体超时违反劳动者权益保护原则。
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处理综合工时制加班超1000小时的问题时，需避免以下常见错误操作。
1. 忽视审批文件真实性：未核实用人单位综合工时制审批的有效性，直接默认工时制度合法，导致后续维权缺乏关键依据（如审批已过期或审批范围不包含本人岗位）。
2. 未及时固定工时证据：工作中未保存考勤记录、加班通知等，仅口头主张加班时长，后期维权时因证据不足无法证明加班事实。
3. 超过仲裁时效维权：劳动争议仲裁时效为1年，自知道或应当知道权益被侵害之日起计算，若超时申请仲裁，将丧失胜诉权。
建议您进一步向律师咨询，避免因错误操作导致权益受损，律师可协助您梳理证据并制定维权策略。
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综合工时制加班超1000小时的处理结果，可能受以下特殊情况影响。
1. 行业特殊规定的例外：部分特殊行业（如交通运输、渔业等）经国务院行业主管部门批准，可能有特殊的工时计算规则，但仍需符合“平均工时与法定标准基本相同”的原则，若全年加班超1000小时仍可能违法，仅在计算方式上略有差异（如某些行业法定年工时上限可适当放宽，但通常不超过2200小时）。
2. 劳动者书面放弃加班工资的例外：若劳动者与用人单位签订书面协议，自愿放弃超时加班工资（但需注意：该协议若违反法律强制性规定则无效），例如协议中约定“综合工时制超时部分不支付加班工资”，因违反《劳动法》第四十四条规定，该约定无效，劳动者仍可主张加班工资，但可能因协议存在导致维权程序复杂化。
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综合工时制加班时长的合法性需依据《劳动法》及相关工时规定判断。
根据《中华人民共和国劳动法》第三十九条：“企业因生产特点不能实行本法第三十六条、第三十八条规定的，经劳动行政部门批准，可以实行其他工作和休息办法。” 综合工时制需经审批方可实施，未经审批使用属违法。
同时，《关于企业实行不定时工作制和综合计算工时工作制的审批办法》第五条规定，综合计算工时工作制以周、月、季、年为周期综合计算工作时间，但平均日工作时间和平均周工作时间应与法定标准工作时间基本相同（法定标准为每日8小时、每周40小时）。全年法定标准工时约为2000小时（250天×8小时），若全年加班超1000小时，总工时将远超2000小时，违反“平均工时与法定标准基本相同”的要求，因此违法。

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